自动化系

基本信息：清华大学自动化系、信息处理研究所副教授

书院服务：新雅21班班主任

办公电话：010-62795578

Email：ruijiang@tsinghua.edu.cn

个人主页：https://www.au.tsinghua.edu.cn/info/1111/1526.htm

1997年9月-2002年1月清华大学自动化系检测技术及自动化装置专业学习，获工学博士学位

1992年9月-1997年7月清华大学自动化系自动控制专业学习，获工学学士学位

2007年-至今，清华大学自动化系，副教授

2004年-2007年，美国南加州大学，博士后

2002年-2003年，香港科技大学，博士后

基因测序数据分析、基因组深度学习、医疗知识图谱构建、医学影像智能分析

2013年，中国自动化学会自然科学奖二等奖

2009年，国家级教学成果二等奖

2008年，北京市教学成果一等奖

2008年，清华大学教学成果一等奖

中国自动化学会，智能健康与生物信息专业委员会，副主任

代表性论文：

1.WanwenZengetal,Compressingregulatorynetworkstovectorsforinterpretinggeneexpressionandgeneticvariants,NatureMachineIntelligence,2021,inpress

2.QiaoLiuetal,Simultaneousdeepgenerativemodelingandclusteringofsinglecellgenomicdata,NatureMachineIntelligence,2021,inpress

3.ShengquanChenetal,OpenAnnotate:awebservertoannotatethechromatinaccessibilityofgenomicregions,NucleicAcidsResearch,2021,inpress

4.ShengquanChenetal,DeepCAPE:adeepconvolutionalneuralnetworkfortheaccuratepredictionofenhancers,Genomics,Proteomics&Bioinformatics,2021,inpress

5.ShengquanChenetal,Areference-guidedapproachforepigeneticcharacterizationofsinglecells,NatureCommunications,2021,12:2177

6.QiaoLiuetal,Densityestimationusingdeepgenerativeneuralnetworks,ProcNatlAcadSciUSA,2021,118(15):e2101344118

7.WenranLietal,Amethodforscoringthecell-typespecificimpactsofnon-codingvariantsinpersonalgenomes,ProcNatlAcadSciUSA,2020,117(35):21364-21372

8.WanwenZengetal,SilencerDB:acomprehensivedatabaseofsilencers,NucleicAcidsResearch,2020,49(D1):D221-D228

9.WanwenZengetal,DC3:Deconvolutionandcoupledclusteringfrombulkandsinglecellgenomicsdata,NatureCommunications,2019,10:4613

10.WenranLietal,DeepTACT:predictinghigh-resolutionchromatincontactsviabootstrappingdeeplearning,NucleicAcidsResearch,2019,47(10):e60

11.ZehuaLiuetal,Reconstructingcellcyclepseudotime-seriesviasingle-celltranscriptomedata,NatureCommunications,2017,8:22

12.ZhanaDurenetal,Modelinggeneregulationfrompairedexpressionandchromatinaccessibilitydata,ProcNatlAcadSciUSA,2017,114(25):E4914-E4923

13.FengZengetal,PyroHMMsnp:aSNPcallerforIonTorrentand454sequencingdata,NucleicAcidsResearch,2013,41(13):e136

14.RuiJiangetal,Sequence-basedprioritizationofnonsynonymoussingle-nucleotidepolymorphismsforthestudyofdiseasemutations,AmericanJournalofHumanGenetics,2007,81(2):346-360

15.RuiJiangetal,Networkmotifidentificationinstochasticnetworks,ProcNatlAcadSciUSA,2006,103(25):9404-9409

发明专利：

1.HE染色器官病理图像分割方法、装置

2.细胞图像中细胞轮廓弯曲程度的衡量方法、系统及介质

3.高分辨率图像纹理特征提取方法及系统

4.掩模图像的分割方法及系统

5.基于图路径搜索和深度学习的细胞图像分割方法

6.图像要素提取方法及装置

7.一种基于专用语料库字向量的无监督中文分词方法

8.电子病历表型抽取、表型名称规范化方法及系统

9.中文电子病历命名实体抽取方法及系统

10.基于深度学习的医院分诊方法、系统、装置及介质

11.一种基于词向量的医疗分诊方法及系统

12.多类生物序列注释的整合方法

13.基因组单位点变异致病性的预测方法、系统及存储介质

软件著作权：

1.数字化组织病理影像浏览标注软件V1.0

2.数字化组织病理影像几何变换软件V1.0

3.基于深度学习的多系统萎缩综合征辅助诊断软件V1.0

4.数字化组织病理影像加噪模糊软件V1.0

5.数字化组织病理影像色彩调整软件V1.0

6.数字化组织病理影像分割软件V1.0

7.细胞分割预处理浏览软件V1.0

8.细胞形状特征提取软件V1.0

9.染色质开放性注释与可视化系统